از نظر اقتصادی، باید منطق اقتصادی اعطای هر مشوقی به درستی تبیین و هزینه- فایده آن برای سیاستگذاران روشن شود. از نظر قانونی، یک چارچوب قانونی محکم برای اعطای مشوق مالیاتی لازم است و در نهایت از نظر اداری و اجرایی، مشوق باید تا حد امکان ساده و شفاف باشد تا امکان هرگونه سوءاستفاده، فساد، انحراف و تبعیض از سوی مقامات مربوطه که مسئول نظارت بر حُسن اجرای برنامه هستند، به حداقل برسد.
این در حالی است که مشوقهای مالیاتی هزینه های فراوانی را بر دولت ها تحمیل می کنند که باید در برابر منافع حاصل از آنها سنجیده شوند. مشوقهای مالیاتی علاوه بر اینکه باعـث درآمد از دسترفته بـرای دولـت ها می شـوند موجـبات اتــلاف منـابع را نیز فـراهم می‌آورند، چرا که اغلب نصیب بنگاه ها و سرمایه گذارانی می شوند که حاضـرند بدون این مشوق ها نیز فعالیت خود را ادامه دهند.
نظام مالیاتی ایران یکی از معدود نظام های مالی دنیا است که در آن تمامی اشکال مشوق های مالیاتی برای طیف وسیعی از مخاطبان اعطا می شود به طوری‌که یکی از دلایل پایین بودن سهم مالیات در تولید ناخالص داخلی کشور ناشی از معافیت های مالیاتی است. برآورده های اولیه سازمان امور مالیاتی کشور، از معافیت ۴۰ تا ۵۰ درصدی اقتصاد کشور از پرداخت مالیات حکایت دارد. این درحالی است که بر اساس برنامه پنجم توسعه اقتصادی کشور، دولت مکلف به تامین هزینه‌های جاری خود از محل درآمدهای مالیاتی شده است.
همچنین، با توجه به بند (۱۷) سیاست های کلی اقتصاد مقاومتی ابلاغی مقام معظم رهبری که بر اصلاح نظام درآمدی دولت با افزایش درآمدهای مالیاتی تاکید و اشاره دارد، انجام اصلاحات اساسی در سیاست گذاری های مالیاتی به منظور افزایش کارایی و ارتقای جایگاه نظام مالیاتی کشور امری ضروری، اجتناب ناپذیر و حتمی است. در این میان، گستردگی معافیت های مالیاتی از نـقش ضعیـف مالیـات در اداره امـور کـشور، تامین مـالی بودجـه دولت و همچـنین تاثیر انـدک آن در سـیاسـت گذاری‌هـای اقتصادی و اجتـماعی حـکایت دارد که به عنوان مانعی مهم و اساسی در برابر اصلاح ساختار مالیاتی و ارتقای آن در کشور عمل کرده است.
در مورد اثربخشی وکارایی نظام مشوق های مالیاتی بر تولید و تشویق فعالیت های اقتصادی هم ابهامات اساسی مطرح است به طوری که مطالعات و واقعیت های علمی در حوزه اقتصاد ایران حاکی از نبود اثرات مثبت و یا وجود حداقل اثرات مثبت اقتصادی این معافیت ها است. مشوق ها و امتیازات مالیاتی در ایران، عمدتا گسترده، غیرهدفمند و شامل تمام انواع مشوق های مالیاتی مرسوم در جهان است.
به طور کلی می توان دلایل ناکارآمدی نظام معافیت های مالیاتی در اقتصاد ایران را در پنج مورد خلاصه کرد: حجم بالای درآمد مالیاتی از دست رفته، طولانی بودن برخورداری از این معافیت ها، تعدد و گستردگی معافیت های مالیاتی در سایر قوانین غیر از قانون مالیات های مستقیم، زمینه ایجاد فرار، اجتناب، تقلب و تبعیض مالیاتی در مسیر استفاده از معافیت های مالیاتی و در نهایت عدم جذابیت برای سرمایه‌گذاری‌های کلان.
بنابراین، حجم بالا و گستردگی زیاد انواع معافیت های مالیاتی موجود در قوانین مالیاتی و دیگر قوانین کشور به نوبه خود موجب از دست رفتن بخش قابل توجهی از درآمدهای مالیاتی دولت میشود. با توجه به این مسئله که دولت در برنامههای مختلف توسعه ملزم به هدفمندسازی معافیت های مالیاتی و شفاف‌سازی حمایت های مالی از بخش ها و فعالان اقتصادی شده است، بازنگری، حذف و یا اصلاح معافیت های مالیاتی در اقتصاد ایران یک ضرورت انکارناپذیر است.
لذا لازم است بازنگری و اصلاح ساختار این مشوق ها و البته لزوم تداوم برخی معافیت های فعلی (مانند معافیت فعالیت‌های کشاورزی موضوع ماده ۸۱ قانون مالیات‌های مستقیم) در سیاست گذاری اقتصادی در سال جاری در اولویت قرار گیرد.