معافیت‌های مالیاتی یکی از جاذبه‌های درنظر گرفته‌شده برای سرمایه‌گذاری در شهرک‌های صنعتی است.
گاه دولت از معافیت مالیاتی به عنوان یک ارفاق برای برخی اهداف ایدئولوژیک استفاده می‌کند، اما به دلیل خلاف قاعده‌بودن، لازم است استدلالی قوی برای خروج از قاعده و ضرورت آن به مجلس ارائه کند. البته طبق قانون اساسی، وضع یا بخشودگی یا تخفیف مالیات تنها با مجوز مجلس است، مانند معافیت مالیاتی بخش کشاورزی و صادرات که تنها به دلیل یک اولویت ملی و منافع راهبردی اقتصاد پذیرفته شده است.
اگر اعطای معافیت ها با دقت لازم صورت نگیرد، با توجه به اینکه مالیات مهمترین منبع درآمد دولت هاست و از نظر اقتصادی اهمیت به سزایی دارد می تواند برای دولت و اقتصاد کلان کشورها ضررهای جبران ناپذیری داشته باشد.
معافیت مالیاتی برای واحدهای تولیدی مستقر در شهرک‌های صنعتی را می‌توان مهمترین بند پیش‌بینی شده برای این واحدها در قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور دانست.
به منظور تشویق سرمایه‌گذاری در شهرک‌های صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی برای سرمایه‌گذاری اشخاص حقوقی غیردولتی در واحدهای تولیدی، معدنی، خدماتی، بیمارستان‌ها، هتل‌ها و مراکز اقامتی گردشگری با مجوز سرمایه‌گذاری از مراجع قانونی ذیربط که در این مناطق هستند در صورتی که از اول سال ۱۳۹۵ برای آنها پروانه بهره‌برداری صادر شده باشد یا قرارداد استخراج و فروش منعقد کرده باشند، تشویق‌های مالیاتی اعمال می‌شود.
نحوه اعمال مالیات به نرخ صفر برای سرمایه‌گذاری اقتصادی در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی بدین شرح است که در یک دوره ۱۳ ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر هستند. این قاعده مربوط به مناطق کمتر توسعه یافته است.همچنین در این مناطق، مالیات سال‌های بعد از دوره ۱۳ ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر تا زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد به دو برابر سرمایه ثبت و پرداخت شده برسد، با نرخ صفر محاسبه می‌شود و بعد از آن مالیات با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه خواهد شد.
نحوه اعمال مالیات با نرخ صفر برای شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی در سایر مناطق بدین گونه است که در یک دوره هفت ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر می‌شوند.
همچنین نحوه اعمال مالیات به نرخ صفر برای واحدهای مستقر در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی که در سایر مناطق هستند بدین گونه است که ۵۰ درصد مالیات‌های بعد از دوره هفت ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد معادل سرمایه ثبت و پرداخت شده شود با نرخ صفر درصد و ۵۰ درصد باقیمانده با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه و دریافت می‌شود و بعد از آن نیز ۱۰۰ درصد مالیات متعلقه با نرخ‌های مصوب دریافت خواهد شد./